Er zijn diverse onderzoeksprojecten waarbij het Regionaal Archief Alkmaar betrokken is (geweest):

• Geroofd Joods vastgoed, een onderzoeksproejct van de Radboud Universiteit Nijmegen i.s.m. het Regionaal Archief Alkmaar. Persbericht 1-12-2021. 
• Immigranten van Toen, een onderzoeksproject in samenwerking met vrijwilligers naar de verhalen van de immigratie uit Alkmaars verleden.
• De familie Drukker en de tragiek van Joods Alkmaar, een onderzoeksproject van oud-medewerker Jan van Baar i.s.m. het Regionaal Archief Alkmaar. Afgerond in 2021.