Er zijn diverse onderzoeksprojecten waarbij het Regionaal Archief Alkmaar betrokken is (geweest):
- Geroofd Joods vastgoed, een onderzoeksproejct van de Radboud Universiteit Nijmegen i.s.m. het Regionaal Archief Alkmaar. Persbericht 1-12-2021.
- Immigranten van Toen, een onderzoeksproject in samenwerking met vrijwilligers naar de verhalen van de immigratie uit Alkmaars verleden.
- De familie Drukker en de tragiek van Joods Alkmaar, een onderzoeksproject van oud-medewerker Jan van Baar i.s.m. het Regionaal Archief Alkmaar. Afgerond in 2021.
- Het beleg van Alkmaar, een onderzoeksproject van oud-medewerker Harry de Raad i.s.m. het Regionaal Archief Alkmaar. Afgerond in 2023.